民國十五年十一月，台東廳台東郡火燒島地區漁民成立「火燒島漁業組合」，會址設在南寮25番戶之2。

民國廿六年八月改組，成市「保證責任火燒島漁業協同組合」。

民國卅三年依據日本當局頒布之「水產業團體法」，改組為「火燒島漁業會」。

光復以後解散漁業會，民國卅八年成立「綠島漁業生產合作社」，卅九年六月合併成立「綠島鄉漁會」。

民國四十四年全省各級漁會改進，改名為「綠島區漁會」迄今。